Desgraciadamente para los judíos, una invasión de almohades, islámicos no semitas, ignorantes y crueles, se abatió sobre el sur de España. Los judíos, perseguidos, buscaron refugio en Castilla, emigrando en grandes cantidades, sobre todo los intelectuales. Esto ocasionó un nuevo apogeo de la cultura judeo-cristiana, bajo los activos auspicios de Alfonso el Sabio.
Alfonso X no era sólo sabio, poeta y músico, era también un gran promotor de la cultura y la sabiduría, encargaba y fomentaba obras científicas y literarias. En su reinado se produjo un notable aporte judío, que fue el uso del castellano como lengua culta. Anteriormente no se concebía otro idioma que el latín para las obras del espíritu. A los judíos no les gustaba mucho el latín y le preferían el árabe, pero bajo Alfonso X usaron la lengua romance contribuyendo a su perfeccionamiento y difusión.
Puede decirse que las dos mejores épocas vividas por los judíos fueron las del califato de Córdoba y la del reinado de Alfonso X, aunque este último tuvo en un momento una actitud injusta y severa que reflejó en sus “Ordenamientos”. Alfonso XI también fue un gran defensor de las aljamas, y tuvo como mano derecha a Samuel Ha’Levy.
En esas épocas se destacaron muchos judíos de gran valor. Algunos de ellos, son especialmente interesantes.
La vida de Hossé Aben’Hanoch fue como una novela. Salió de Babilonia con tres otros estudiosos del Talmud con destino a Córdoba. Durante el viaje un pasajero se enamoró de su mujer y la cortejó abiertamente con gran disgusto de ella. Un día, hallándose en cubierta con ese hombre y su marido preguntó a éste si los muertos en el mar tenían las mismas posibilidades de vida eterna que los muertos en tierra, y en cuanto este le dijo que sí, saltó por encima de la borda para escapar al acoso amoroso. Poco después el barco fue atacado por piratas y naufragó. Los piratas apresaron a Hanoch y sus compañeros y los vendieron como esclavos. La poderosa aljama de Córdoba pagó su rescate. En una ocasión estaba en la sinagoga oyendo predicar al rabino, y no estando de acuerdo con este pidió la palabra y su exposición fue tan brillante que el rabino renunció en su favor. Fue maestro de Hassdai, el médico traductor de Dioscórides, diplomático y ministro del califa Abderramán III.
Paulo Alvaro Cordobés era de origen visigodo y hebreo y abrazó la fe cristiana. Era filósofo y mantuvo una controversia sobre el Mesías con Eleazar, un ex cristiano convertido al judaísmo, caso muy poco común. Alvaro Cordobés dedicó su vida a defender los derechos de judíos y mozárabes afectados por las leyes árabes, que eran idénticas a las cristianas.
Sem Tob de Carrión , también llamado santo, no porque lo fuera sino por el sonido parecido de Sem Tob con Santo, fue uno de los primeros escritores en lengua romance, en cual suele el pueblo fablar a su vecino, como dijo Gonzalo de Berceo. También fue el autor del primer catecismo católico español. Escribió unos proverbios morales, con buenas observaciones sobre la naturaleza humana, en estrofas de cuatro versos no muy bien medidos, Lo malo es que cada proverbio es seguido por seis o siete más, que dicen lo mismo aunque con otros ejemplos. Esto hace su lectura pesada.
El más grande de los judíos españoles fue Maimónides, que vivió en Córdoba desde su nacimiento en 1135 hasta su migración a Fez en 1159. Fue educado por su padre, de familia distinguida y acaudalada, muy versado en filosofía, astronomía y otras disciplinas, y que le hizo estudiar medicina, la profesión favorita de los judíos.
A raíz de la invasión almohade, se convirtió aparentemente al islamismo, pero esto no le sirvió y tuvo que dejar España. Volvió a la fe judaica en Egipto, adonde se trasladó después de Fez. Ejerció la medicina con mucho éxito, pero su fuerte fue la filosofía. Escribió sus dos primeros libros en árabe, como la mayoría de los judíos de Al-Andalus, pero el tercero el más importante y que le dio gran fama, la «Guía para extraviados«, fue escrito en hebreo. Se ocupó mucho del tema de la conciliación de la religión con la filosofía y la ciencia: esta preocupación estaba en el aire del tiempo. Lo consideró así también Raimundo Lulio, para buscarla, y Averroes para negar rotundamente su posibilidad. Tocó muchos otros temas y fue muy considerado tanto en vida como después de muerto, por ejemplo por Santo Tomás de Aquino. También fue muy combatido. En Provence se produjo una verdadera batalla entre seguidores y adversarios. La Inquisición francesa quemó sus libros. También los quemó D. Jaime de Aragón, que además hizo borrar del Talmud las frases que consideraba blasfemas Es emocionante, al entrar a la judería de Córdoba, toparse con la estatua de este judío ejemplar.
Siempre se produjeron conversiones forzados por las circunstancias, aún en épocas en que no había coerción. Causó gran revuelo la de la familia Halevy, de Toledo, que se convirtió en masa, menos la mujer del jefe de familia que lo hizo algo después, y tomaron el apellido de Santa María. El padre estudió teología en Paris, se hizo sacerdote y fue el obispo Pablo de Santa María, famoso, por un lado, por su sabiduría, y, tristemente, por el otro, por la saña que desplegó sobre sus ex correligionarios. Las conversiones causaban muchos problemas, pues a veces las familias se convertían parcialmente y quedaban divididas. Los conversos cambiaban sus nombres, tomando generalmente nombres de ciudades, y dejaban la aljama.
El porcentaje de la población judía respecto a la española, en el siglo XIII se calcula en 350 familias judías en Toledo, 250 en Valencia, 300 en Sevilla. Como las familias eran numerosas, y la servidumbre era judía, se puede calcular entre ocho y diez personas judías por familia, lo que daría, para Toledo, unas 3000 personas. La población de Toledo no llegaba a 30.000 en aquel entonces, por lo tanto la población judía era al menos un diez por ciento. La ciudad de Carrión estaba habitada casi en su totalidad por judíos. Lo mismo la de Lucena, fundada por ellos siendo en su momento el emporio del comercio judío en España. Granada fue llamada “ciudad de los judíos”. Se cree que la cifra total de judíos podía ser, en el siglo XII, alrededor de 10.000.
La literatura y la filosofía florecieron extraordinariamente bajo el gobierno de los califas árabes. Al caer y disolverse el califato de Córdoba, la región árabe de España quedó dividida en muchos pequeños reinos o emiratos llamados reinos de taifas, bajo cuyo gobierno los judíos fueron maltratados, pudiendo sobrevivir por haberse hecho indispensables .
En el siglo XIV la situación empezó a tornarse peligrosa para los judíos. Los movimientos antisemitas originados en Francia, como la llamada Cruzada de los Pastores, causaron grandes matanzas. El pueblo había empezado a odiar a los judíos Veía con recelo su creciente poder, envidiaba su prosperidad y los privilegios que disfrutaban entre la corte y la nobleza, y no faltaron víctimas de los usureros de poca monta.
Además hay que tener en cuenta la manera en que el pueblo reaccionaba frente a rumores calumniosos. Pérez Galdós cuenta cómo se propagó en Madrid una calumnia sobre los jesuitas en la que se comentaba que habían envenenado los pozos de agua, lo cual provocó el incendio, por obra del pueblo, de su casa principal, en el que se perdió una biblioteca de valor incalculable.
Se dijo de los judíos la misma calumnia, y se les achacó la peste negra con las consecuentes reacciones violentas de saqueos, incendios, palizas y asesinatos. El pueblo también actuaba movido por la codicia contra los judíos, pues los saqueos organizados contra las ricas aljamas les resultaban muy productivos. Fuere por lo que fuere el pueblo empezó a manifestar un odio irracional hacia los judíos.